A XVIII. század végéig nem tettek különbséget a Balaton és a Kis-Balaton között, a Fenékpuszta-Balatonhídvég közötti térséget - a mai, tágabb értelemben vett Kis-Balatont - a Balatonhoz számították. Vitatlanul kiderül ez az 1761-ben készült térképről, melyen a balatonhídvégi híd mellett "Inciput lacus Balaton" (Itt kezdődik a Balaton tava) felírás található. A "Kis-Balaton" elnevezés első ízben Zalavár 1805-ben készített térképén tűnik fel. Ez azonban csak a balatonhídvégi híd és a tőle mintegy 3 km-re ÉK-re lévő ún. "Lik" közötti területet öleli fel. A "Lik" és Fenékpuszta közötti rész már "Nagy-Balaton" néven szerepel.

A Fenékpuszta-Balatonhídvég közötti vízfelületet először a Balatonnak 1833-ban készült térképe nevezi Kis-Balatonnak. Erre az időre az egykori balatoni öböl nyilván már annyira eltérő jellegű volt a Balaton egyéb vízfelületeitől, hogy megkülönböztetése indokolttá vált. Ennek ellenére ezen a területen 1863-ig a vízborítás átlagosan 1,5-2 m volt. A Kisfaludy gőzösnek Balatonhídvég a kikötője volt. (Így a mai értelemben vett Kis-Balaton területén 12-15 km2 nyílt vízfelületű öböl alakult ki.) A vízszint változása a 3-4 métert is elérte, azaz a "Magyar Tengernek árvizei" voltak. Az I. katonai felmérés 1783-ból származó országleírásának Balatonhídvégre vonatkozó részében olvasható: "Hier flüsset dei Szala in Platten See, selbe ist sumpfigt und morastig ....". (Itt folyik a Zala a Balatonba, mely posványos és mocsaras ...). A leírás a Kis-Balaton és a Zala völgye mellett lévő községeknél is megjegyzi: "Hat einen unzuganglichen Morast ...". (Járhatatlan mocsár található.)

A Zala Balatonhídvég alatt beleveszett a nádasokkal és szabad vízfelületekkel tarkított mocsárba, így a vize a természetes mocsárvilágon át kellően megszűrve jutott a Balatonba. A Balaton átlagos vízmélysége és térfogata a XVIII. század vége óta a felére csökkent. Ebben nagy szerepe volt az 1863-ban megépített Sió-zsilipnek. A szabályozási munkák "eredményeként" a Kis-Balaton magasabban fekvő részei szárazra kerültek. Vízborítást a terület csak a Zala árvizeikor kapott az 1920-as évekig, ekkor a Zala árvédelmi töltéseivel gyakorlatilag a folyó árvizeit is kizárták a Kis-Balatonból. Ezt követően a csatornarendszer kialakításával megkísérelték a talajvízszintet csökkenteni, illetve szabályozni annak érdekében, hogy a területen mezőgazdasági tevékenységet lehessen folytatni. Ezek a munkálatok az 1960-as évekig tartottak, eredményre azonban valójában nem vezettek.

A Kis-Balaton helyreállítása, újbóli elárasztása 1980 óta folyik. Az 1980-as évek közepén megépült az 1870 hektár felületű, 28 millió köbméteres új tó, amely szűrőként működik. A Zala folyó 22 kilométeres utat tesz meg a mesterséges tóban, majd csak ezután tér vissza régi medrébe.

Az 1980-as évek közepén megkezdett mocsárrekonstrukciós munkálatokat követően, a Kis-Balaton tározó I-es ütemének létrejöttével megnövekedtek a kedvező táplálkozási és szaporodási lehetőséget biztosító területek, melyet a fajok rendkívül rövid idő alatt el is foglaltak. Már az első évektől kezdődően tízezres példányszámban tértek vissza a vonuló, illetve itt telelő madárfajok.

Az eddig megfigyelt közel 250 madárfajon kívül számos – ma már ritka- állat- és növényfaj talál menedéket ezen a területen. Külön említést érdemel ezek közül a patkányfejű pocok, a lápi póc, a réti csík és néhány ritka szitakötőfaj.